小黑麦茎分蘖节成球状体，贮藏营养物质多，分化健壮新器官的潜力也比小麦强;各节长度和直径一般大于小麦。叶片较小麦长而厚，叶色较深，被茸毛，叶鞘有蜡粉层。麦穗比小麦大，小花数多,每一小穗有3~7朵小花,一般基部2朵小花结实,芒较小麦长。颖果较小麦大，红色或白色，角质或半角质(见图)。果皮和种皮较厚，因而休眠期长于小麦，一般遇雨不易在穗上发芽,且对胚和胚乳有较强的保护作用。耐寒性较强,在海拔2400米的西南高寒地区能安全越冬。耐瘠、耐旱、耐干热风和耐荫力强，在气候条件多变、水肥条件较差的高寒地区，能显示其稳产优势，产量高于小麦。