花椒采收后至2年春季发芽前均可进行修枝，以采后修剪为宜。幼树应早修剪，弱树、老树以进入休眠期修剪为宜。[4]1、幼树的修剪遵照与结果并重的原则，栽后按要求高度定干，冬剪时除去树干基部的枝条，并保留3～5个进行短截，对枝则长放多留，以早期产量。

　　花椒此期树冠已郁闭，枝条交叉重叠，内膛分枝大量死亡，致使结果部位外移，结果后部严重光秃，光照条件恶化，树的健康状况严重衰弱。修剪时要抽大枝、去弱枝、留壮芽，及时更新复壮结果枝组，去老养小。对已衰老的老树，的方面要注意到用徒长枝，的方面对骨架进行交替小更新，保证产量。

　　花椒品种选择种质资源（品种）和根据适生条件进行合理品种选择是花椒栽培成功的关键。李庆芝等指出，花椒虽然不用杂交繁殖，但长期来也会发生变异和退化，同样需要品种的纯化和复壮；此外，花椒的道地性较明显，作为中药材应用时应从适宜的地方选择好的品种。