由于气浮机的气浮净水系统运行管理较为方便，特别是容器罐液位实现自控以后，所以一般只要每隔二到四小时排渣一次就可以了，而且只要简单的按动刮渣机的操作按钮。

当气浮池投入运行时，除了要对各种设备进行常规检查外，还需要对溶气罐及其管道进行多次清洗，直到出水没有易堵颗粒杂质的情况下才能安装释放容器，并不要忘了还要对设备进行检查调试。

检查的内容包括了释放容器是否水平安置；释放汽水出流是否均匀；释出气泡是否正常；防堵部分是否能正常工作等等。待上述系统运行正常后，才开始向絮凝池注入已加有混凝剂的原水。

通常情况下，气浮机中压力容器罐的进出水阀门在运行时应完全打开，避免由于出水阀门处节流所造成的压降，而使气泡提前释出，并在管道内放大。为了防止压力水倒灌，应使得空气压缩机的压力大于溶气罐压力，并在进气管上装止回阀。

进入刮渣环节时，为使排渣顺畅可以略微抬高池内水位，并以浮渣堆积厚度及浮渣含水率较好选定刮渣周期。如发现气浮机的气浮分离区渣面常有大气泡鼓出或破裂，应采取相应措施加以解决。