树脂在使用一段时间后，要进行再生处理，即用化学药品使离子交换反应以相反方向进行，使树脂的官能基团回复原来状态，以供再次使用。如上述的阳离子树脂是用强酸进行再生处理，此时树脂放出被吸附的阳离子，再与H+结合而恢复原来的组成。

在离子交换树脂使用过程中，经过一段时间运转后，往往会发生出水质量逐渐下降、交换容量逐渐降低等现象。这一般是由于树脂在运转过程中受到污染造成。在废水和生化物质提炼中，由于成份比较复杂，树脂更易受到污染，因此应采取适当的措施进行复活处理，针对不同情况，采用不同的复活处理工艺。